世界中の海を幾度も荒らし回ったメガ・シャーク。その被害は世界経済にまで及び、多くの国が崩壊寸前に。資源の奪い合いが苛烈化し、違法採掘が横行するようになっていた。そしてブラジルのリオ沖でもまた、ロシアの民間トロール船による違法採掘が行われていた。そこに現れたのは国連軍の最新鋭潜水艦ユニコーン１号＆２号。世界の海をパトロールし、違法採掘の取り締まりを行っていたのだ。こんなものに攻撃されたらひとたまりもない、とトロール船の船員たちは観念し、荷を揚げて投降しようとした。しかし引き揚げた土砂に交じって、奴が現れた。シドニー沖で産み付けられた卵から誕生した、新たなメガ・シャークが！たちまち周辺海域は惨劇の場と化し、ユニコーン１号＆２号も敢え無く敗退してしまった。そこで国連軍は専門家たちを招集し、新たな脅威への対策を練ることにした。海洋生物学者のグレイ博士は電磁場でメガ・シャークを攪乱して危険のない場所に隔離する計画を提案するが敢え無く却下され、結局メガ・シャークを餌で誘き寄せ爆破するというシンプルな案が採用された。落胆するグレイ博士。とそこにデインテック社の社長ジョシュアが声をかけてきた。彼は環境に配慮した退治という考え方に賛同し、協力を申し出てきたのだ。早速電磁場発生装置を搭載したクルーザーを駆り、メガ・シャーク退治の現場に急行するグレイたち。国連軍は案の定メガ・シャークの爆殺に失敗しており、グレイたちは電磁場でメガ・シャークを誘導。入り江に飛び込んだところで入り口の岩場を破壊し、無事入り江の中に閉じ込めることに成功した。
一方チェルノブイリでは、朽ち果てた研究施設に眠る究極のエネルギー源、レッド・マーキュリーの取引が行われようとしていた。ＣＩＡのキング捜査官がその現場を押さえたところ、突如研究施設に放置されていた超大型巨人ロボ・コロッサスが起動。掌と胸に搭載されたレーザー兵器で歩く場所を焼野原に変えていった。こいつを制御するリモコンは、偶然にもメガ・シャークを閉じ込めた入り江の底深くにある海底研究所。そこでキングはグレイたちと協力し、コロッサスとメガ・シャークが闘っている隙に海底に向かうこととなった…。

どこかで見たようなデザインの超大型巨人メカ、コロッサスがメガ・シャークと激突するシリーズ第４弾。「どんな地形も乗り越えて標的に辿り着く歩く爆弾」という触れ込みのコロッサスはメガ・シャークと互角以上の闘いを繰り広げ、ジャイアントスイングで大気圏外まで投げ飛ばして衛星レーザーを破壊する荒業まで見せてくれる。またメガ・シャークの方も冒頭で潜水艦を吹っ飛ばしてキリスト像を破壊する芸当を披露する他、おはじきの要領で軍艦を連鎖爆破するなど実力発揮に余念がない。ただ襲うのが田舎町ばかりで、都市部の破壊場面が無いのが残念な限りだ。水中戦の見辛さが元通りになっているのもいただけなかった。